妖邪帝王・羅真我を倒し、妖邪界の侵攻から東京を救って 3 ヶ月――。 　　復興が進む街並みに人々は再び訪れた平和を享受していた。 　　だが、人類の前に新たな脅威が現れる。 　　その名も「天導界」。 　　ヤシマノサグメとその配下の四獣士が「世界を新しく作り替える」ために行動を開始する。 　　サムライトルーパーの新たな戦いが幕を開ける!